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sábado, 28 de marzo 2020
28/03/2020
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Centro Nacional de Secuenciación Genómica

Servicio de identificación molecular de especies

¿Quiénes somos?

El Centro Nacional de Secuenciación Genómica (CNSG), es un laboratorio de referencia nacional dedicado al desarrollo y asesoría de proyectos en las áreas de genómica, metagenómica, transcriptómica y procedimientos con macromoléculas biológicas (DNA, RNA y proteínas). Nuestro laboratorio está dotado con múltiples tecnologías para prestar los servicios de identificación de especies tanto en cultivos puros como en mezclas complejas, utilizando marcadores moleculares únicos (de un solo gen), múltiples (MLST/MLSA) y secuenciamiento de genoma y transcriptoma de última generación.
 

¿En qué consiste el servicio?

Ofrecemos asesoría especializada para seleccionar metodologías costo-efectivas que permitan la identificación molecular de especies según las necesidades del usuario. Utilizamos marcadores moleculares de mediana y alta resolución (16S, 18S, ITS y regiones codificantes nucleares y mitocondriales). Nuestros servicios cubren los procedimientos de extracción de DNA, diseño y síntesis de oligonucleótidos, secuenciamiento, análisis filogenéticos y soporte para su interpretación.

¿Qué ventajas ofrece nuestro servicio?

  • Rapidez y aplicabilidad a cualquier especie: microorganismos (bacterias, virus, hongos, parásitos), animales y plantas.
  • Alta resolución: identificación a nivel de especie y posibilidad de genotipificar.
  • Posibilidad de identificar nuevas especies.     
  • Robustez metodológica y reproducibilidad.              
  • Detección de mezclas de microorganismos.
  • Escalabilidad: se pueden procesar cientos de muestras simultáneamente.
  • Independencia de la medición de caracteres morfológicos que puedan generar ambigüedad en la identificación.      
  • Alta sensibilidad y especificidad.          
  • Confidencialidad en nuestros análisis. 
     

¿Quienes pueden utilizar nuestros servicios?

Investigadores, estudiantes de pregrado y posgrado, empresas privadas y públicas del sector productivo, universidades y laboratorios de investigación.

 

Análisis de Diversidad Microbiana

Relevancia

El entendimiento de las comunidades microbianas y sus dinámicas ha comprobado ser de gran importancia para el desarrollo del sector industrial, médico y científico-tecnológico. Los análisis de metagenómica usando los genes conservados 16S y 18S, constituye la metodología más usada para la identificación de microorganismos en los estudios de diversidad. La genómica moderna basada en Next Generation Sequencing (NGS), ha abierto un amplio rango de posibilidades para la identificación microbiana y los estudios de diversidad a gran escala.

Recursos

En el CNSG hacemos uso de los datos generados con tecnologías NGS que, acoplado a una robusta infraestructura computacional propia, a años de experiencia en Biología Molecular, Bioquímica y Bioinformática, nos permite ofrecer un servicio de identificación global de microorganismos rápido y fiable. Brindamos un servicio integro desde la extracción del material genético, hasta la identificación de microorganismos como bacterias, arqueas, hongos y parásitos presentes en su muestra.

¿Por qué escoger el CNSG para sus análisis de diversidad microbiana?

  • Contamos con personal altamente cualificado (Profesores, Científicos, Microbiólogos, Ingenieros e Informáticos) que pueden brindar soluciones ad-hoc a su necesidad particular. 
  • Viajamos hasta donde se encuentre la muestra de interés y hacemos la extracción del material genético in situ para garantizar la obtención de resultados confiables.
  • En el CNSG estamos especializados en los análisis de diversidad microbiana de diversos orígenes (muestras humanas, animales/vege- tales, ambientales como lodos activados, biosólidos, suelos, aguas y alimentos).
  • Podemos identificar miles de organismos en un solo análisis. 
  • Identificamos microorganismos no cultivables
  • Determinamos la abundancia relativa de los microorganismos presentes en las muestras estudiadas.
  • Realizamos la clasificación taxonómica y funcional empleando software especializado.
  • Brindamos asesoría en el diseño experimental y en la selección de las metodología idóneas para su caso particular.
  • Contamos con más de 70 publicaciones nacionales e internacionales como artículos científicos, capítulos de libro, trabajos de maestría y/o tesis doctorales que avalan la calidad de nuestros resultados y nuestro compromiso con el desarrollo científico-tecnológico.

Manejo de Resultados

Los resultados obtenidos de los análisis basados en 16S/18S, nos permiten generar tablas y figuras fáciles de interpretar, las cuales ofrecen un panorama claro de la clasificación taxonómica y la abundancia relativa.

  • Generamos reportes del perfil microbiano con una recopilación de los análisis de anotación del 16S/18S. secuencias obtenidas y los análisis 
  • Ofrecemos respaldo redundante de los datos y resultados obtenidos en nuestros servidores hasta por1año.
  • Las
derivados de su procesamiento son entregados en un dispositivo de almacenamiento de alta velocidad incluyendo las secuencias sin procesar y
las empleadas en los análisis, en caso tal de que quieran ser procesadas de nuevo por el En el CNSG contamos con los recursos investigador.
  • Generamos tablas con la clasificación taxonómica de todas las secuencias que lograron ser anotadas y la información de su abundancia relativa. 
a
  • Generamos figuras en alta resolución (barras apiladas, gráficos de torta, cladogramas, etc.) aptas para su uso en publicaciones especializadas y/o tesis doctorales en diversos formatos (Mapas de bits y vectoriales). computacionales y el personal cualificado para realizar in situ los análisis de diversidad microbiana, facilitando de esta forma el entendimiento e interpretación de los resultados de forma personalizada. Póngase en contacto para discutir con nuestros científicos la estrategia más adecuada para realizar con éxito su experimento de diversidad Microbiana.

 

Servicio de Transcriptoma

¿En que consiste el servicio?

Ofrecemos asesoría especializada para seleccionar metodologías costo-efectivas que permitan la extracción del RNA y el análisis del transcriptoma con la tecnología RNA-seq en las plataformas NGS mas modernas. Contamos con servidores computacionales de alta eficiencia para el rápido análisis cualitativo y cuantitativo (análisis de expresión diferencial de genes) de datos derivados de proyectos transcriptómicos.

¿Que ventajas ofrecemos?

  • Análisis transcriptomas por RNA-seq NGS
  • Análisis de expresión diferencial de genes
  • Soporte estadístico especializado
  • Identificar transcritos/proteínas de interés específico.
  • Predicción de proteoma virtual derivado del transcriptoma.
  • Robustez metodológica y reproducibilidad.
  • Escalabilidad: se pueden procesar cientos de muestras simultáneamente.
  • Confidencialidad en nuestros análisis.
  • Nuestro servicio esta dirigido a investigadores, estudiantes de pregrado y posgrado, empresas privadas y públicas del sector productivo, universidades y laboratorios de investigación.

 

Contacto

Centro Nacional de Secuenciación Genómica-CNSG
Torre 1, S2-13
Sede de Investigación Universitaria-SIU
Universidad de Antioquia
Carrera 53 # 61 - 30 
Medellín. Colombia
Tel: +57 4 2196665 - 2196666
cnsg@udea.edu.co 

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