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UdeA desarrolló protocolo para diagnóstico del SARS-CoV-2

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07/05/2020
Por: Jennifer Restrepo de la Pava - periodista

El Protocolo Colombia propone alternativas para la disminución de tiempo en las pruebas diagnósticas del SARS-CoV-2, con niveles de especificidad y sensibilidad iguales o superiores al protocolo usado actualmente en el país y que fue desarrollado en Alemania. La propuesta también permitiría la reducción de costos en el diagnóstico y la realización de un número mayor de pruebas.

Investigadores de la Universidad de Antioquia diseñaron y desarrollaron el Protocolo Colombia, que propone un nuevo flujo organizado de actividades para apoyar en el país la detección del virus SARS-CoV-2, causante de la COVID-19. 

«Lo novedoso del Protocolo Colombia es que no es una simple metodología de diagnóstico. Este comprende una serie de alternativas moleculares, experimentales y complementarias entre sí, que empleadas de manera combinada o independiente, de acuerdo con las condiciones propias del lugar del país donde se apliquen, permiten detectar el SARS-CoV-2 a unos niveles de especificidad y sensibilidad iguales o superiores a los mostrados por el Protocolo de Berlín. Esto redunda en un diagnóstico más preciso», destacó el líder de la investigación, el profesor de la Escuela de Microbiología Gustavo Adolfo Gámez de Armas. 

Pero, ¿cuál es la diferencia del Protocolo de Colombia con los demás? Para diagnosticar el virus en el país, se realiza actualmente la prueba molecular PCR en tiempo real (qPCR). Esta prueba normalmente sigue tres protocolos: el de París, el del CDC y el de Berlín. Este último recomendado por la Organización Mundial de la Salud (OMS).  

De acuerdo con los investigadores, estos protocolos surgieron en un momento temprano de la pandemia cuando se conocía poco del virus y por eso no había suficiente información de su genoma y de sus características. 

«Los protocolos disponibles están dirigidos esencialmente a detectar los genes E, N y RdRP, componentes de este y otros coronavirus existentes. Sin embargo, el Protocolo Colombia va dirigido a unas secuencias genómicas del gen S, el cual codifica para la proteína Spike, que de acuerdo con los análisis bioinformáticos desarrollados por el profesor Gámez, son secuencias exclusivas del virus SARS-CoV-2», explicó el profesor  Andrés Felipe Zuluaga Salazar, quien está vinculado al proyecto como co-investigador y es coordinador del  Laboratorio Integrado de Medicina Especializada -LIME-, de la Facultad de Medicina.  

La disminución del tiempo de la prueba es clave en esta nueva propuesta «el Protocolo de Berlín es más largo comparado con el que proponemos. Berlín requiere tres pruebas de qPCR consecutivas para diagnosticar el virus, por el contrario el Protocolo Colombia acorta este procedimiento realizando solamente una prueba lo cual se traduce en el uso de menos recursos», destacó el profesor Carlos Muskus López, también co-investigador y miembro del Programa de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales, PECET, de la Facultad de Medicina. 

En el Protocolo Colombia participan biólogos, microbiólogos, médicos, bacteriólogos, ingenieros, estudiantes y personal administrativo no docente de la UdeA. Imagen de referencia. 

Ventajas del Protocolo Colombia

Identificar una secuencia genética exclusiva del virus abrió las puertas para una detección más rápida, económica, específica y sensible del virus, lo que permite mayor cobertura del testeo. Según el profesor Gámez, la sensibilidad y especificidad son las dos grandes diferencias del Protocolo Colombia. Además de ayudar a combatir los problemas de contaminación cruzada en el laboratorio debido a las ampliaciones.

La sensibilidad detecta con precisión bajos números de copias del virus en la muestra «en la estandarización de la prueba hay un parámetro que se llama sensibilidad analítica, es decir, la mínima cantidad de virus que el protocolo de diagnóstico podría detectar en una muestra. A mayor sensibilidad, mayor chance de encontrar el virus en una muestra de una persona que tenga una baja carga viral», agregó el co-investigador Carlos Muskus. 

Entre tanto, la especificidad permite obtener resultados positivos inequívocos para cada muestra analizada. «al estar basado en un diseño molecular de discriminación doble-alelo-específica, el Protocolo Colombia permite discriminar con mayor precisión el virus SARS-CoV-2 de otros coronavirus humanos y animales, que podrían estar generando falsos positivos en las pruebas. Además, una detección más temprana del mismo, incluso antes de la aparición de los primeros síntomas, lo que posibilita también detectar los casos asintomáticos», agregó Gustavo Gámez, quien también es miembro del grupo de Genética, Regeneración y Cáncer de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. 

Para el diseño del Protocolo Colombia se empleó la información del análisis bioinformático de 3000 secuencias genómicas reportadas en el GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), como insumo para el diseño manual y detallado de los primers para las pruebas de qPCR. Lo cual permitió en la etapa de desarrollo la comparación con los métodos existentes, basados en el Protocolo de Berlín: kits comerciales y pruebas caseras que se está empleando en Colombia.

Ampliar las pruebas moleculares facilitará la realización de estudios poblacionales y epidemiológicos más profundos para la toma de decisiones. Imagen de referencia. 

Al ser un protocolo versátil, Colombia no dependerá mucho de la importación de los insumos necesarios para realizar las pruebas. Entre los que se cuentan primers, sondas y enzimas que, además de ser costosos, tardan actualmente entre 30 y 45 días para llegar al país.

Esta propuesta hace énfasis en el aprovechamiento del talento humano y la capacidad instalada: laboratorios, equipos, redes e insumos disponibles. Las pruebas sugeridas en el Protocolo Colombia se podrían realizar en un número mayor de laboratorios de biología molecular en Colombia, América Latina y el mundo.

«Aquí no hay muchas máquinas para las pruebas qPCR en tiempo real que se practican en el país, pero sí hay muchos termocicladores de qPCR convencional en diferentes laboratorios de biología molecular. Esa es la razón por la cual la respuesta a las pruebas en Colombia está tan limitada, a diferencia de los países que cuentan con mucha más capacidad», explicó Gustavo Gámez.

Para la materialización del Protocolo Colombia fue importante el logro del aislamiento del virus SARS-CoV-2 por el Grupo de Inmunovirología de la Facultad de Medicina en abril pasado. Esto permitió que el profesor Gámez tuviera el control positivo necesario para desarrollar el Protocolo.

El investigador Wbeimar Aguilar Jiménez, colaborador del Protocolo y miembro del grupo de Inmunovirología, señaló que la siguiente etapa es extrapolar las pruebas realizadas en el laboratorio y gestionar los avales institucionales «además de la acreditación de la prueba para diagnóstico, hay otras variables que no dependen de la Universidad, como los permisos y la habilitación de la prueba por parte del INVIMA, el Ministerio de Salud y Protección Social y el Instituto Nacional de Salud», agregó Aguilar.

Los investigadores de la Universidad de Antioquia hacen un llamado al Gobierno Nacional para que analice este nuevo protocolo que eventualmente apoyaría la ampliación del testeo en el país del virus causante de la COVID-19, teniendo en cuenta que su implementación se basa en el uso de la capacidad instalada de los laboratorios de biología molecular fijos o móviles que hay en el país y que no exige muchos recursos económicos. Se espera que este Protocolo Colombia contribuya con soluciones al problema de la pandemia y que tenga un impacto nacional, regional e internacional.Gráfica 1. Resultados pruebas de laboratorio: detección del virus por qPCR, Protocolo Colombia igualando al Protocolo de Berlín. Imagen cortesía proyecto.

Gráfica 2. Resultados pruebas de laboratorio: detección del virus por PCR convencional, Protocolo Colombia superando al Protocolo de Berlín. Imagen cortesía proyecto. 

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